本科是3年制的课程，可以申请加拿大硕士么？

需要看情况。如果是国内的，单纯3年的是不行的，因为北美地区硕士需要4年制学士学位学历背景才可以申请。
如果是海外学历，英国3年制学历一般是可以被接受的。澳洲或者其他国家的3年制学历，就要看具体的成绩来定了，成绩越高希望越大。如果是合作项目的，只要总体时长达到4年，且最后有学位证，那么就可以申请。