请问老师，申请美国本科主要是看专业排名还是综合排名？

这两方面是肯定都要考虑的；每个人的偏重不一样，要看大家的情况具体分析。
考虑综合排名的原因主要是本科主要是通识教育；构成专业排名的学校的科研活动主要是靠研究生和博士学生和教授一起完成的，本科生能参与的部分并不多。因此，专业排名和本科学生的学科教育关系不大。本科毕竟是最重要的学历，学校光环和知名度确实非常重要；这个不论是回国或者留美工作都是一样。并且其实如果进入了学校之后，转专业也是可以的。
当然也有一部分学生，已经很确定自己以后可能想要工作的方向（尤其是理工科方向），或者读研究生和phd。那么这种情况下，去学术资源更优秀的专业排名高的大学，相对就更适合这些学生。本科期间有更多参与本方向科研项目的机会，对以后深造很有好处。有些专业学科非常强的学校，学校和一些对口企业也会有合作，也能给这些专业的学生提供直接的实习和就业机会。